Năm 2006, do hoàn cảnh gia đình, hai mẹ con Hạnh Nguyên chuyển từ vùng kinh tế mới Lâm Hà lên Đà Lạt thuê nhà sinh sống. Mẹ bị bệnh khớp không lao động nặng được, hàng ngày nhận len về đan gia công và nhận chăm sóc trẻ nhỏ cho hàng xóm với thu nhập tổng cộng 300.000 đ/tháng nuôi con ăn học. Chương trình Tăng cường Gia đình của tổ chức SOS tại Lâm Đồng bắt đầu hỗ trợ cho em 250.000 đ/tháng từ tháng 10 năm 2006.
Trong kỳ thi tuyển sinh năm 2009, Hạnh Nguyên đã trúng tuyển vào trường Đại học Ngân hàng TPHCM (26,5 điểm) và Đại học Y dược TPHCM (25 điểm). Ngày 22/11/2015, Hạnh Nguyên đã chính thức tốt nghiệp ngành Bác sĩ Y khoa. Với tấm bằng tốt nghiệp loại khá, em được nhận vào làm việc tại Khoa Tim mạch Bệnh viện Nhân dân Gia Định TP HCM. Với tâm nguyện giúp đỡ và chăm sóc cho bệnh nhân nghèo, hơn 2 năm qua em luôn sắp xếp thời gian để tham gia các chương trình khám chữa bệnh từ thiện trên khắp mọi miền của đất nước.